Коллекция музея насчитывает 12 тыс. произведений живописи, графики, скульптуры, декоративно-прикладного искусства. В постоянной экспозиции отражена история русской культуры Сибири и Алтая XVI – XX вв. В числе экспонатов представлены иконы неизвестных мастеров, центральных школ и сибирских иконописцев, полотна В.А. Тропинина, И.К. Айвазовского, П.П. Чистякова, И.Н. Крамского, И.И. Шишкина и др., экспонируются скульптуры М.И. Козловского, М.М. Антокольского и изделия знаменитого Колыванского камнерезного завода. Экспозиция отечественного искусства 1900– 1950х гг. знакомит с произведениями П.П. Кончаловского, И.Э. Грабаря и др. мастеров ХХ в. Наиболее полно представлено искусство мастеров Алтая. Это работы иконописца В.Ф. Балыкина, а также первых художников Алтая: Г.И. Гуркина, А.О. Никулина, А.Н. Борисова, – художников, создавших в 1918 г. Алтайское художественное общество. В разделе народного искусства наряду с подлинными памятниками экспонируются реконструкции костюмов старожилов и переселенцев Алтая, созданные сотрудниками музея, освоившими старинные технологии крестьянских ремесел. В музее делаются атрибуции и экспертизы, оказывается консультативная помощь. В залах проводятся творческие встречи и концерты, детские конкурсы и игры. На открытых площадках реализует программы народных календарных праздников и обрядов отдел реконструкции и реставрации русской традиционной культуры.
