Река находится к северо-западу от г. Туапсе. Берёт начало на юго-западном склоне горы Агой и впадает в Чёрное море у п. Агой. Река маловодна летом. Имеет паводковый режим. В году бывает около 12 паводков. Скорость течения на равнинных участках до 4 метров в секунду, в паводковый период расход воды достигает до 600 кубометров в секунду. Река превращается в бурный поток, несёт много песка, гравия, гальки. Находиться в это время в реке и даже на низком берегу — опасно! Водяной вал с большой скоростью несётся к морю, увлекая за собой камни, корни деревьев и всё, что попадается на пути потока. Смотреть на это зрелище страшно, но ощущения неповторимые. Ширина долины реки Агой в пойменной части составляет 1700 м, в среднем течении — до 250 м. Берега состоят обвальных отложений. Склоны крутые, есть почти отвесные участки со скалами и ущельями. Река то расширяется долинами, то сужается. У горы Мазепа, в 7 км от села Агуй-Шапсуг, протекает по глубокому каменистому ущелью, образуя несколько водопадов. Особенно красивы водопады после дождей, тогда р. Агой становится более полноводной. На горе Мазепа можно осмотреть скалы они называются «Волчьи Ворота» и пещеры. В среднем течении, в трёх километрах от села Агуй-Шапсуг, на левом берегу реки Агой, находятся минеральные источники. У реки Агой есть несколько притоков: р. Колехо длиной 15 км, берёт начало на южном склоне горы Агой, и более мелкие — Сатенюк, Тубе и другие, берущие начало у гор Тубе и Агой. В 5 км. от п. Агуй-Шапсуг, в живописном урочище Сатенок, имеются минеральные источники. Так же можно полюбоваться скалами и обрывами в верховьях притока Тубе. В широкой долине реки Агой расположен небольшой аэропорт. Раньше выполнялись регулярные пассажирские рейсы на местных линиях, но сейчас здесь стоит воинская часть, тренируются парашютисты и дельтапланеристы. В весенне-осенний период проводятся занятия и показательные выступления по парашютному спорту.
